Es un escudo cortado y presenta la forma del escudo español semicircular o de medio punto.

El montículo representa la isla de Atitlán donde se fundó una capilla, en 1538, por iniciativa de los frailes del convento de Etzatlán. El nuevo asentamiento se llamó San Juan Atlitic y permaneció ahí hasta 1598 cuando sus pobladores fueron desalojados por órdenes de D. Gaspar de Zúñiga y Acevedo.

El arco y la flecha representan a los pobladores indígenas de la región. Estos elementos de guerra también aluden al valor del cacique de Xochitepec (Magdalena) Coaxícar quien promovió, en 1538, una gran rebelión convocando a los caciques de Etzatlán, Ahuacatlán y Hostotipaquillo.

La cruz en un montículo de piedras representa el lugar donde fue masacrado Fray Juan Calero o del Espíritu Santo, justo donde hoy se encuentra la parroquia de San Juanito. Según el historiador Luis Pérez Verdía, esto aconteció el 10 de junio de 1541 cuando el religioso se decidió a ir solo a convencer a los indígenas que participaban en la rebelión acaudillada por Coaxícar para que volviesen a la sumisión, pero los insurrectos le respondieron con flechas, pedradas y macanazos acabando con su vida.

La mano extendida indicando las iniciales en la bordura representa a las cinco familias fundadoras del actual San Juanito, de apellidos Ruiz, Meza, Orendáin, Montes y García. Tomaron como centro de la población la rústica ermita que se había construido para señalar el sitio en que fue muerto Fray Juan Calero dándole por nombre Pueblo Nuevo de San Juan Atitlic.

El listón que está sobre el escudo ostenta las fechas 1700 y 1939. La primera se refiere al año de la fundación del Pueblo Nuevo de San Juan Atlitic y la segunda es el año en que fue elevado a  municipio.

Los colores tienen el siguiente significado:

Amarillo (oro): simboliza el valor demostrado por nuestros antepasados indígenas al enfrentarse a las huestes españolas aún careciendo de armas que compitieran con las hispanas.

Verde (olivo): con coronas de olivo se premiaba en Grecia a los vencedores de los Juegos Olímpicos y a quienes habían prestado servicios excepcionales a la Patria. Así el gran tlatoani de esta región Coaxícar mereció la corona de olivo por su inquebrantable lucha por sacudirse a los conquistadores.

Azul: el agua de aquella hermosa laguna que el maná les obsequió a los indígenas que poblaron las riveras de la misma.

Rojo: la sangre de nuestros antepasados que mancharon la tierra de la Nueva Galicia pisoteada por los advenedizos  crueles y sanguinarios, sedientos de riquezas que para muchos de ellos fue su más trágico epílogo.

Diseñado por el señor Antonio Domínguez Ocampo, fue un obsequio que hizo a su pueblo en el año de 1988 según consta en un certificado expedido por el C. Pedro González González, presidente municipal en el período 1986-1988.

Su adopción oficial data del mes de enero de 1997.